Il Rettore, il Pro Rettore, il Consiglio di Amministrazione, i Delegati del Rettore, il Senato Accedemico, la Giunta di Ateneo, il Consiglio degli Studenti e il Nucleo di Valutazione sono le principali autorità dell'Università degli Studi di Perugia alle quali, in forza dello Statuto, è demandata la determinazione delle linee programmatiche e di indirizzo.
L'attività amministrativa di gestione dell'Ateneo è affidata al Direttore Generale.