Il Cume ha in dotazione due microscopi elettronici a trasmissione, entrambi prodotti dalla
Philips Electron Optics - FEI Company

Il modello EM 400 T fa parte della dotazione del CUME dal 1982. Si tratta di uno strumento dotato di buona potenza (HT range 20-120 kV), capace di raggiungere ingrandimenti di 480.000x ed una risoluzione massima di 0,2 nm, e dotato di portacampioni a doppio tilt con goniometro eucentrico (inclinazione massima di 60°). La buona potenza della sorgente luminosa (filamento in tungsteno) consente di ottenere delle immagini di elevata qualità su lastre fotografiche formato 102 x 83 mm. L'EM 400 T è inoltre fornito di un sistema di microanalisi a raggi X (EDAX 9100) in grado di effettuare analisi quantitative dei campioni. L'EM 400 T si configura come un valido strumento in grado di far fronte alle esigenze degli studiosi sia dei settori biologici che abiologici.

Nel 1996 all'EM 400 è stato affiancato un altro microscopio a trasmissione Philips modello 208. Si tratta di una macchina strutturalmente più semplice dell'EM 400 che garantisce, tuttavia, un'ottima possibilità di ingrandimento ed una elevata risoluzione. Una caratteristica importante è rappresentata dal fatto che le funzioni principali del microscopio sono gestite da un pc. Nel corso del 2004 è stato installato un sistema digitale di acquisizione ed elaborazione delle immagini che rappresenta un utile aggiornamento del preesistente sistema fotografico che utilizza lastre di vetro o di plastica di cm. 10 x 8. The Trasmission Electron Microscope (TEM) Philips EM 400 works at the CUME since the 1982 and so it is the "senior" machine of the CUME. Neverthless it continues to be appreciate by numerous researchers for its very high magnification and resolution capability. In the 1996 a Philips EM 208 (see photo) was added to the CUME equipment. It is an electron microscope which combine a good magnification and resolution power with an easy handling that enable both regular and occasional users to obtain good results. During the 2004 the EM 208 was equipped with a digital camera and a software for image analysis that substituted the original photographic apparatus employng glass or plastic plates.